Zgodnie z wytycznymi Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) opracowanie Planu Bezpieczeństwa Wody należy rozpocząć od identyfikacji wszystkich potencjalnych zagrożeń na każdym etapie systemu zaopatrzenia w wodę. W tym celu stawiano sobie pytania:

„Co w danym miejscu może się zdarzyć?” lub „Co może pójść nie tak?”

Wszystkie zagrożenia i zdarzenia potencjalnie niebezpieczne zostały podzielone na trzy kategorie:

• zagrożenia mikrobiologiczne
• zagrożenia fizykochemiczne
• brak wody

Po wykonanej identyfikacji  zagrożeń zespół ds. bezpieczeństwa wody omówił każde zagrożenie oraz dokonał oceny poziomu zagrożenia na podstawie macierzy 5×5. Ocena ryzyka pozwala na określenie punktów krytycznych w systemie zaopatrzenia w wodę oraz uszeregowanie wszystkich zagrożeń pod względem ich ważności.

Mając już listę wszystkich potencjalnych zagrożeń wraz określeniem poziomu ich zagrożeń zespół ds. bezpieczeństwa wody mógł przejść do kolejnego etapu opracowania PBW – określenia środków nadzoru. Środki nadzoru to czynności (wypracowane procedury, instrukcje postępowania, zasady dobrej praktyki wodociągowej), których zadaniem jest ograniczenie lub wyeliminowanie ryzyka wystąpienie zagrożeń i zdarzeń potencjalnie niebezpiecznych na każdym etapie systemu zaopatrzenia w wodę. Ilość podejmowanych działań zabezpieczających powinna odzwierciedlać  poziom zagrożenia uzyskany w ocenie ryzyka.